台湾海洋生物博物馆号称是东南亚最大的水族世界，屹立在后湾海滨，被步规划为台湾水域馆及珊瑚王国馆两大部分，在展示、教育的功能外，亦将成为岛内海洋研究的重镇。
大洋池是一座注满100万加仑海水的巨型水族缸，透过巨幅观景窗，大小鱼群巡弋穿梭的景象，如同欣赏电影般生动。
以多座情境生动的大型水族缸为主体，展示台湾溪流、湖塘及近岸的鱼类资源；珊瑚王国馆则以南中国海的珊瑚礁为蓝本，设有4座海底隧道、沈船区及鲸豚池。
海洋生物博物馆也自俄罗斯引进小白鲸，于2002年8月亮相和人们见面，目前饲养在珊瑚王国馆白鲸池里，并透过白鲸的喂食互动及解说员的介绍过程中，让民众深入了解可爱的海中精灵—小白鲸聪明活泼的一面，也提供民众新颖的参观内容及体验。
国立海洋生物博物馆总面积达96.81公顷，主要以展现「水」的精神与特性为主，馆内规划区域有台湾水域、珊瑚王国、世界水域三大主题展示馆、行政与教学中心、水族实验中心、服务设施、研究大楼、维护设施、国际会议中心以及学研中心等主要建筑区。其中以珊瑚王国馆那长达84公尺的「海底隧道」穿梭于150万加仑的巨型人造海洋中，体验绚烂多采的珊瑚世界。
第二展示馆为彷自然生态的水族馆，呈现台湾地区特有的水域称为「台湾水域馆」以高山溪流区、河川中游区、水库区、河口区、潮间带区、南湾生态区及东部大洋区等主题展现，最为引人入胜是以拥有高五公尺、长十六公尺之观景窗，展现大海洋的宏伟的东部大洋区裡的大洋池。
第三展示馆以3D虚拟实境的「无水水族馆」作为展示主轴，呈现最新科技的海洋生态虚拟实境及罕见的极地生物的『世界水域馆』，并以「古代海洋」、「海藻森林」、「极地水域」、「深海水域」为展示主题，藉由电子科技方式，呈现出台湾所处之热带水域所见不到的世界各大水域与古代海洋，以拓展游客对于地球各个地方海洋生态的认识。
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